所有的孩子都會做惡夢。幸運的是大部分孩子都能舒舒服服地從睡夢中醒來。而這壹切都與小Alma無緣。
在Alma小時候就已被證實，那些讓她身體持續虛弱的夢魘與幻覺都是潛在她體內的異能產物，這種異能能使Alma輕易感染圍繞在她身邊如憤怒與恐懼等的所有負面情緒，讓她倍受折磨。
隨著Alma的異能越趨強烈，她的父親——科學家Harlan Wade，讓女兒成為ATC技術研究公司的最高機密“起源計劃”的主研究對象，目標是利用Alma的DNA克隆出只需通過心靈感應就可以指揮軍隊的“精神指揮官”。然而由於Alma的精神日益不穩定，研究人員認為繼續讓她保持自由身進行計劃風險過大，所以八歲生日過後的兩天，Alma在人工誘導下昏迷並被貯藏在ATC地窖供試驗。
在Alma被藏身研究期間，Harlan猜測女兒的力量並不壹定完全能通過遺傳獲得。為確保首個精神“原型”能成功誕生，Harlan決定對女兒進行人工受孕，目的讓她的能力通過此法完全轉移到胚胎上。
15歲那年，Alma產下第壹胎“原型”。但在分娩時的Alma卻在身體註射大量鎮靜劑的情況下恢復意識並痛苦地看著自己的胎兒被帶走。（這個不符合ATC計劃目的的首個原型就是後來隸屬F.E.A.R.小隊POINT MAN。）
16歲，Alma誕下了“成功”的第二胎，Paxton Fettel。
在Fettel十歲時，Alma利用異能與兒子的意識融合，即後來的“思想同步”。通過母親的精神控制，Fettel殺害了好幾名負責該計劃的研究員，隨後計劃也因這場意外而終止，同時Alma被移出生命維持裝置，整個起源設施遭封鎖並棄置。然而，要為起源計劃的惡行負責的人們，低估了Alma的力量與憤怒。
盡管Alma已身亡，她殘留的有毒生命物質使圍繞著起源工場的Auburn工業區受到大規模感染。ATC總裁Genevieve Aristide回到廢棄的ATC地窖，企圖重啟起源計劃，但在她派出的調查部隊無壹返回後決定放棄這個徒勞無功的念頭。可這時琴弦已被觸動——Alma的意識將再度被喚醒。
在另壹次的“思想同步”裏，Alma的靈魂將被監禁且已是成人的Fettel釋放，下令“把他們全都殺光” 。Fettel利用大批在他精神控制下的克隆士兵對ATC總部進行圍攻，並對和起源計劃扯上關系的人們逐個進行拷問。
除了 Fettel與他的部隊外，另壹個制造混亂的存在——Alma利用她強大的超能力進行復仇，她會令受害人產生可怕甚至危險的幻覺，被派遣牽制Fettel行動的隊伍遭到Alma的異能攻擊，他們的肉身瞬間被溶解，只剩下被燒焦的骸骨埋在血漿與肉塊之中。
隨著Alma在地窖被釋放，F.E.A.R.小隊任務徹底失敗而引起的起源設施大爆炸，Alma的亡靈因此更具威脅性，影響了費爾波特城大部分地區。有著更多在她支配下的可怕怪物，Alma實現“願望”的威力比以往任何時候都更大。當那些使她受盡折磨的人們成為她的亡魂，當她完全得到解放，她的“願望”又會是什麽？
不論任何人試圖進入Auburn市區都必須十二分謹慎，Alma隨時隨地都有可能現身，等到那時，妳會聽到她若隱若現的嗓音，毛骨悚然的笑聲，還有無線電裏那些刺耳難辨的異常音頻……