這部《雲之彼端，約定的地方》是加納新太根據影片做的小說，並非官方小說。可以認為是同人作品，但基調和文字與原作比較吻合，算是不錯的作品。對小說的爭議在於結尾處，佐由理為了不讓自己過於以來浩紀而離開他去尋找自己失去的三年(文中說是六年，因為此時已經和浩紀壹起生活了三年)。而影片中雖然有人認為暗示了兩人後來不在壹起，但實際上並沒有明確的說法。而這種暗示筆者認為也並沒有十足的理由(當然可能性是存在的)。所以兩下對比令不少讀者無法接受。
小說的結尾問題倒不在於其過於壓抑(悲涼的結局並非不可接受)。但這個結局卻缺乏過度和交代，顯得比較突兀，這點上確有不足。感覺似乎是單純為了寫壹個悲的結局而寫的。