電視動畫《小長門有希的消失》改編自谷川流原作、ぷよ作畫的同名漫畫。2013年12月18日,手機動畫網站“d animestore(dアニメストア)”公布了《小長門有希的消失》動畫化企劃中的消息123。電視動畫於2015年3月22日舉辦第1話先行上映會4,並在2015年4月3日正式播放。OVA動畫則隨原作漫畫第9卷限定版(2015年10月26日發售)同捆推出。