1992年4月16日，曾由蘇聯支持的阿富汗納吉布拉政權垮臺。阿各派武裝力量進入喀布爾。建立自己的據點和勢力範圍。4月28日，西·穆賈迪迪接管政權，任臨時國家元首。6月28日，伊斯蘭促進會首領拉巴尼（塔吉克族）出任臨時總統。由於歷史上形成的宗教和民族矛盾錯綜復雜，各派之間武裝沖突不斷，阿遂陷入內戰之中。1992年底，拉巴尼利用“賢哲會”選舉自己為正式總統，伊斯蘭黨領導人希克馬蒂亞爾（普什圖族）及其他各派深為不滿，內戰升級。1993年，在巴基斯坦等國調節下，交戰各方簽署了《伊斯蘭堡和平協定》和《賈拉拉巴德協議》。但因各派為爭奪中央領導權而互不相讓，形成混戰，協議成為壹紙空文。阿富汗內戰引起國際社會的廣泛關註，巴基斯坦、伊朗等伊斯蘭國家壹直進行調停；聯合國安全理事會1994年數次就阿富汗問題發表主席聲明，呼籲各派停火。聯合國特表代表團數次赴阿進行調節，收效甚微。阿各派對和談、組織政權機構、舉行大選等各執幾見，拉巴尼與希克馬蒂亞爾兩派更是嚴重對立。1994年8月，阿富汗伊斯蘭學生民兵組織（“塔利班”）成立，很快形成獨占壹方的軍事組織並迅速發展，1995年初控制了全國40%的地區，使阿局勢更加復雜。針對聯合國組織阿富汗過渡政府的計劃，塔利班提出了自己的條件，阿各派均表示反對，聯合國的移交權力的方案被迫中止。內戰三年來，1996年1月，阿政府軍在總指揮馬蘇德的領導下穩住了陣腳並不時反攻，使“塔利班”連續攻擊喀布爾8個月都無法得手。5月24日，拉巴尼政府與老對手希克馬蒂亞爾經過壹番秘密的討價還價簽署了壹項政治和軍事合作協議。6月26日，希克馬蒂亞爾重新進入喀布爾，出任政府總理，阿富汗成立了拉巴尼－希克馬蒂亞爾聯合政權，***同對付勢力日益強大、已成為公認的實力最強的反政府武裝“塔利班”。1996年8月至9月，“塔利班”在短短幾天內取得連連勝利。9月25日，“塔利班”乘勝從東、西、南等方向向喀布爾發起全面進攻，27日宣布攻占首都喀布爾，成立了六人委員會，負責管理國家事務，宣布實行嚴格的伊斯蘭政權。1997年10月阿富汗改國名為阿富汗伊斯蘭酋長國。從“塔利班”占領喀布爾後開始，拉巴尼政府軍與杜斯坦姆領導的烏茲別克民兵及阿富汗伊斯蘭黨（哈裏斯）派正式結盟，被稱為反塔利班聯盟。“塔利班”與反塔利班聯盟幾經交戰，但是進入1998年後，“塔利班”逐步成為了阿富汗的主導力量。到“9·11”事件發生前，“塔利班”實際上控制了阿富汗的大部分地區，反塔利班聯盟還沒有能力推翻“塔利班”的實際統治。“9·11”事件後，美國迅速在阿富汗境內開展軍事行動，塔利班及本·拉登的“基地”組織被基本肅清。在2001年末, 在德國波恩召開的會議, 確定了在2004年進行政權的重建進程，最後導致了新憲法和總統選舉。2001年12月5日阿臨時政府成立，卡爾紮伊被推舉任臨時政府主席。2002年6月11日至19日，阿富汗緊急支爾格大會在喀布爾召開，選舉產生了以卡爾紮伊為總統的阿富汗過渡政府內閣，任期至2004年大選。2004年11月，卡爾紮伊以絕對優勢當選阿富汗歷史上第壹位民選總統，任期5年，12月宣誓就職，並改國名為阿富汗伊斯蘭***和國。