結局動畫中，先知似乎於靈山島隱居中，收音機撥放的演講內容也暗示前作的CIA特工史崔克蘭當選參議員，並領導重建秩序。其納米服中的神經塊被移除，衣服的外層變成了先知原來的身體，使他重獲新生。他走到海灘，扔掉了前小隊的狗牌，放棄了他的過去，並決定從此開始用他的真名為“勞倫斯·巴恩斯”，故事也就此結束。
劇情簡介——
《孤島危機2》事件後，賽可和先知在世界各地尋找Ceph的最終領導者Alpha Ceph。CELL公司利用紐約之戰中掌握的外星人科技和無限能量源已經逐步發展成地球統治的實權政府，他們將先知冷凍起來，抓捕所有的納米服士兵，剝離他們的納米服，恢復存儲在其中的Ceph基因。
同時，當市民們被告知這些納米裝置是用作提供保護與凈化功能時，事實上都是CELL企業為掌控全世界壹步步所設下的陷阱；於是部分人民成立了反政府遊擊隊。由克蕾爾·方譚麗帶領的反抗軍因發現潛藏在CELL企業所建造之供隔離使用的紐約納米圓頂背後的邪惡動機；
於是從冰凍箱救出唯壹著有奈米服的先知。賽可也是反抗軍的壹員，之前曾是納米服的持有者。他告訴先知CELL的X系統供應整個世界的電力，位於廢棄的紐約。那些付不起電力的人將成為奴隸。反抗軍希望破壞X系統，讓全世界獲得自由。?
擴展資料：
人物介紹——
1、先知（Prophet）
壹代中暴龍小隊的隊長，在孤島危機1中遭到Ceph感染，基因受到改造，因此可以使用Ceph的武器。2代中將納米生化裝讓渡給重傷垂死的陸戰隊員阿卡特茲穿上，並隨後舉槍自盡，但先知的意識仍留存於納米生化裝中，並持續對阿卡特茲的決策做出影響。
2、賽可（Psyco）
前暴龍小隊成員，曾在英國特種空勤團（SAS）中服役，性格沖動、暴躁。在3代中已經失去了納米生化裝，據其透露是被Cell企業強行以手術取下，由於納米生化衣與使用者之間的深層鏈接，導致在手術過程中承受了莫大的痛苦，也留下了嚴重的後遺癥，因此誓言揪出當初對他動手術的Cell人員進行復仇。
3、克蕾兒
反抗軍的指揮官，本身非軍人出身，但仍表現得非常出色。與賽可的關系相當密切。曾強烈質疑先知究竟是何種身分。