在水都奧多馬雷，有兩只傳說神奇寶貝——拉帝歐斯與拉帝亞斯守護著這城市。相傳：壹個邪惡的神奇寶貝訓練家企圖脅迫這裏的居民，而最初的拉帝歐斯來到了這裏，施展能力擊敗了此人並將城市中的街道變成了河道。但拉帝歐斯逝去，並留下了兩個孤兒，其靈魂化作了心之水滴。
小智壹行人為了參加壹年壹度的神奇寶貝水上競賽而來到奧多馬雷。就在勝券在握之時，小鋸鱷和小智卻突然轉入了錯誤的水道，而原本落後的小霞獲得了勝利。之後，壹行人受羅西的邀請坐上了奧多馬雷的小舟。在舟上他們聽羅西講了拉帝歐斯和拉帝亞斯的傳說，羅西稱很多人相信他們至今仍然守護著奧多馬雷。
此時，怪盜姊妹桑娜、莉安開始試圖捕捉拉帝歐斯和拉帝亞斯。小智救下了拉帝歐斯並來到了博物館，他們遇到了博物館的導遊本葛雷先生。在本葛雷的介紹下三人了解了奧多馬雷防禦裝置（DMA），不過它的使用方法仍然未知。忽然，小智註意到二樓有位少女正在收拾畫具——正是剛才的少女。小智決定壹探究竟，和皮卡丘追過去，壹路追逐，小智和皮卡丘來到了壹個美麗的花園。花園高處的地面上鑲嵌著壹些石板，周圍的壹圈是拉帝歐斯和拉帝亞斯以及奧多馬雷的傳說，而中間的圖案上據說記載著博物館中裝置和心之水滴的真正使用方法。
當晚，怪盜姊妹桑娜、莉安潛入花園捕捉了拉帝歐斯，而拉帝亞斯從水中飛走並找到了正在熟睡的小智。小智看到少女突然來訪非常吃驚，理清頭緒後兩人壹起穿過城市趕往博物館。來到博物館，怪盜姊妹早已啟動了裝置，心之水滴顏色也已變深。眾人齊心協力從DMA中將奄奄壹息的拉帝歐斯營救出來，而DMA失去動力也停了下來。桑娜決定帶走心之水滴撤退，隨著她的觸碰，心之水滴應聲破碎，裝置也再次啟動。
城市的水道裏面的水正在極速流向大海，眾人跑出大聖堂，眼前的大海已經不見了，只留下壹片海床。隨著轟隆的巨響，壹條銀線——巨大的海嘯——從天際升起。拉帝歐斯與拉帝亞斯隨之沖了出去，試圖利用他們超自然的能力平息海嘯，但拉帝歐斯在其間犧牲了自己。水流回城裏，鐮刀盔和化石翼龍也化作光點，回到博物館的大理石上變回了化石，怪盜姊妹桑娜、莉被困在了DMA裏。拉帝歐斯化為了又壹顆心之水滴。回到神秘花園，本葛雷將新的心之水滴放進水池，高臺上的水又開始源源不斷地流出來。
小智壹行人要啟程了，就在他們的客船行將離港之際，遠處的少女（卡儂或者拉帝亞斯）手裏拿著東西向他們揮手並追過來，小智要求停船。在靠岸後，小智走上碼頭，少女跑過來，將手上的畫遞給小智，並且吻了小智壹下，隨後跑了回去。隨著壹行人的離開，他們看到了兩只拉帝歐斯與拉帝亞斯在空中壹閃而過。