用刀的神秘忍者，是遊輪裏的俄國白發女奧迦，他女兒被真正控制美國的組織“愛國者”綁架，要求潛入恐怖組織暗中支持雷電保護平臺。
子彈打不到的女人是遊輪篇被殺的黑人軍官的女兒，身上裝了高科技裝備，可以扭曲彈道。
雙刀的BOSS算是Snake的兄弟，叫Solidus，他和Snake都是“Big Boss”的克隆體，不過Snake是顯性基因+壽命限制+無法生育的不完全體，Solidus是完全克隆體。而且他還受“愛國者”控制下當過美國總統，後來背叛了“愛國者”。而且就是他把雷電變成孤兒，並訓練了他當士兵，兒時的雷電已經獲得“開膛手傑克”的稱號，後來雷電被帶來美國，並且自己封印了兒時的記憶。
救完小女孩後知道了平臺的真像——玄武系統，超級兵器+AI思想控制系統，決定從內部破壞玄武，於是讓奧迦抓住雷電，然後再偷偷放了他，Snake拿著裝備在內部接應。那把刀是奧迦裝扮成忍者時用的。
合金裝備的故事很深，想了解Big Boss至少要知道3的劇情，想了解想了解那個拿左輪的老頭要知道1、2、3、4的劇情（號稱貫穿始末的暗線）。有功夫的話最好是都玩玩。每壹作之間的聯系都非常緊密。壹兩句話不可能說清楚的