遊戲開始NICK躺在手術床上，模糊的聽著將軍和醫生的對話，腦裏只有殘缺的記憶。時間馬上前進到NICK在聯合國參軍的日子，他們被邪惡軸心勢力攻打，NICK和同伴們成為了俘虜，在企圖反抗時被BARRET制止並關進了監獄，這時SARA出現了，並告訴了NICK壹些他已經丟失的記憶。遊戲就從這裏正式開始了。
第壹個任務，逃出SOLITARY並和SARA在SUPPLY ROOM 會合
用妳的手槍幹掉很少的敵人，並在其他室內搜集急救包等。
在控制室按開關打開閘門。
在大廳殺死敵人並打開大門。進門後其中壹個敵人身上有SUPPLY ROOM 的 KEYCARD，在SUPPLY ROOM遇到SARA進行交談並得到發電機房的KEY CARD。並回憶起TK超能力訓練。
下樓來到發電機房拉下兩個開關，樓上的門就可以打開了。開門前回憶起RV練習。
進門來到Security-lower silo盡頭的房間幹掉敵人取得另壹張KEY CARD。用此卡進門後有自動機槍把守，趁它的視野不在妳的方向時溜過去，走到盡頭。此關結束。 NICK乘升降梯到達了CENTRAL SOLI的頂層，開門後回憶起MD超能力訓練。往左走有壹小型升降梯，小心有敵人會突然出現，上去後按下開關開啟壹道門。進門便是毒氣室，壹進去就會被困，必須用TK砸開玻璃門，在中間的那間殺死敵人取得IMPLANT OPS 的KEY CARD，壹直走拐彎使用它。進門發現自己的戰友，但已經被洗腦，無奈的NICK只好殺了他。
SARA指示NICK到MAINFRAME ROOM，這壹段路必須小心，如果被發現敵人會按警報，就會招來大批敵人，要先下手為強啊。在通道盡頭的火葬室內取得INPLANT DEVICE用它進入GRYOSTORAGE。在穿過GRYO STORAGE後，來到JOV辦公室門外聽到他和BARRET的談話，之後用RV看到房間內的密碼。用這個密碼進入MAINFRAME ROOM。
走到盡頭之後SARA指示NICK和她在WARHEAD STOREAGE ROOM回合，就在那裏把左上方的通風口窗TK了，爬進去，途中用妳喜歡的方法對付敵人，當然是卷死他們啦，哈哈哈哈。
見到SARA後，她會要妳用三個廢核彈頭安裝在建築的三個地方(可以看，綠點的地方，而且在安裝位置會有明顯表示）
安裝完後遊戲的第壹個BOSS JOV就出場了，開始時他通過控制士兵向妳撲來並爆炸，解決方法是將這些士兵TK到他們出來的門並在那爆炸，門隨即被炸壞，當八個門都炸壞後，JOV就會下來和妳打，他很弱啊，竟然用槍也可以打傷，沒有難度可言，最後妳被JOV思想控制要妳自殺的時候，炸彈爆炸了，JOV被炸死
而妳必須在時限內到飛機起落平臺，沿原路返回到大升降機，在升降機上壘兩個大箱子，然後按下升降按鈕並爬上箱子，當妳看到通風口的時候馬上跳上去否則升降機就會墜落。
這時將軍已經登上了飛機逃走了，就在要爆炸的時候SARA開著直升飛機（這不是MI-24雌鹿嗎，又在詆毀蘇聯是邪惡軸心了）把妳救走。 SARA和妳壹起到了BARRET和JOV談話中談到的黑海，這時BARRET也來到了提著裝著LUNA-1的箱子，妳必須走後門和SARA在ASSEMBLY HALL回合。註意了望塔，不能被他們發現啊，靜靜的蛇到離妳最近的小門那。
進門，裏面只有壹個看守，然後上樓梯，經過通道，找到SARA。談話後SARA給了NICK壹個KEY CARD，讓他去COMMUNICATION ROOM。然後用MC打開門和爬梯上到樓頂，再用TK把玻璃打碎跳進工廠。幹掉所有敵人後，上樓連接總部但失敗。然後到BARRET的辦公室找SARA，她已經在那裏開保險箱了，取得LUNA-1之後前往碼頭。
在碼頭通過操作兩臺吊機，到達FACTORY OFFICE，這時GENERAL正在罵BARRET，BARRET壹氣之下殺死2個士兵，NICK在血泊中發現KEY CARD。之後沿原路回到停機坪。在這裏NICK被SARA的妹妹TONYA騙走了LUNA-1。 到達了火車站，殺光所有生物後，在那個紅燈的地方按╳，讓火車沖進車庫，再殺光車庫裏的所有人。車庫裏有壹臺自動機槍，避開就可以了。
經過通道來到工廠車間，登上控制臺，打開另壹道門，進入壓鑄車間，把所有的機器都停掉並幹掉守衛，然後順梯望上爬。到達另壹車間。從另壹個門口而出進入了壓榨車間，卡開開關全部機器壹起開動，必須把箱子放進機器之間才能使其硬性停止，當然人也可以，四臺都停止後通過來到另壹道門。
然後順著樓梯上三樓天臺。天臺上有步兵和狙擊手，全部TK下樓。繞天臺壹圈後進入另壹間屋再爬梯子上樓，最後找到BARRET。
和BARRET的交戰分別在室內和室外，方法都是閃避他扔過來的東西再還擊。比較簡單，但在室外要註意他用巨型物體扔妳。
但最後NICK還是輸給了BARRET，但BARRET念在師徒壹場放了NICK壹條生路。 NICK追到了香港，在停機坪幹掉敵人後進入建築物，幹掉右側的自動機槍後進入實驗室， 找到KOMIKO，她告訴妳哪裏有妳需要的資料。離開KOMIKO，往回走到另壹個門，在這裏分別位於兩個不同房間裏的按鈕必須在5秒之內同時按下。首先，妳先到壹個房間並站在按鈕，然後用MC控制另壹個人跑到另壹個房間去按鈕，他壹按完，妳馬上撤消MC，再按自己這邊的鈕。這樣便可打開DATA VAULT的大門了。
取得資料後，回憶起PK超能力訓練。
原路返回最初的走廊，在壹個守衛處得到電梯CARD。然後乘坐電梯下98樓。除了電梯馬上用MC控制壹個士兵防止有人按報警。然後用大石球撞開中間的大門，從大門進入
進入之後才知道是WEI LU的虛幻房間，非常詭異，破解方法是每扇能開的門都開壹次，但千萬別進去，因為有時房間裏是手榴彈。
從虛幻房間出來後又進入虛幻墳場，這裏聚集了很多的士兵鬼魂，妳要幫他們解放靈魂，也就是MD，難度不大。
從墳場出來後，將要往下壹層的FUSION BUILDING去，在壹個士兵的身上找到電梯CARD之後便坐電梯到97樓，這層要註意的是有很多攝像頭，被壹個發現就完了，只有壹個壹個的用消聲手槍打掉，然後在控制室打開開關便可進入中間的門，找到BOSS LU WEI了。
這個BOSS我覺得是整個遊戲裏最難打的了，剛開始進去會有壹***八個的兵馬俑打妳，他們刀槍不入，必須先用PK減慢他們的速度再用MD消滅。打完兵馬俑後，就是和LU WEI 的較量，她變身成怪獸不停的跺腳使石頭落下來，有三個小頭會噴毒液，嘴巴還會放超聲波。解決方法是先用槍集中打掉壹個小頭，然後再用石頭TK那兩個小頭，還得不停的跑動。
WEI LU 死後出去搭乘電梯任務便結束了。
EVERYTHING WE‘VE WORKED FOR
NICK乘電梯到達之後，兩座大廈之間的橋被炸開了，首先用MC控制其中壹個敵人再讓他把其他同夥殺了。然後踩在石板上，用TK把自己送過去，然後下樓，遇到壹條帶電的通道，同樣的方法過去了。之後爬壹段梯子，進入房間，馬上把士兵幹掉。這壹層是等離子加速裝置，要讓他停止就必須讓他超負荷運轉，***有四個開關，先把妳這個房子裏的工人MC，讓他打開4和3號開關，然後再MC了那個妳在門口可以看到的工人去打開2號開關，最後妳自己打開1號開關，加速器就停止了。有很多敵人進來，用PK幹掉他們。
然後進入K3房，爬上梯子到了反應堆控制室，首先把那個工人幹掉否則他會去按報警，同時按壹下鈕釋放出核設備然後再收拾其他士兵。控制室安全後進入反應堆，將右手邊房子裏的工人給MC了讓他關閉所有電匝，妳把所有敵人都TK下水，再用核設備炸開兩邊的鐵絲門，從而進入建築內部。這時SARA出現了，但NICK分辨不出她和TONYA，所以完全不信任她，但SARA還是留下了AMORY的KEY CARD給NICK。
在AMORY有得到了另壹張KEY CARD，用這張開另壹頭的門從而得到電梯CARD。用它乘坐電梯來到下壹層，從正中間的門進去將遇到BOSS MARLENA，玩家們在這裏要特別註意了，因為遊戲有BUG，如果妳在打這個BOSS的時候中間的氣罐支架沒有升起的話（如圖），不好意思了，妳必須重新把這關再玩壹遍。
首先MARLENA會操作壹臺噴火的機器攻擊妳，但有死角，利用它躲避，找到時機就用氣罐TK攻擊機器的發射口。之後MARLENA會下來對妳攻擊，也是用氣罐TK攻擊她，每排氣罐壹用完便會自動補充。
擊敗MARLENA後，NICK追向帶著LUNA-1逃跑的GENERAL，但他已經上了飛機。
FROM THE ETHER AND BEYON
GENERAL逃到的叢林遺址，NICK也跟來了這裏，在這裏NICK回憶起了最後的超能力AV並遇到了以前的戰友，但他已經被WRIGHTSON精神控制，WRIGHTSON告訴NICK他已經囚禁了SARA。這時NICK馬上進入遺址營救SARA。
在遺址裏有許多靈魂異形，他們必須靠AV才能看到而且攻擊力極強。在進入遺址後的通道的壹側有壹個小門通往監獄在那找到了SARA，並通過MC打開了監獄的門。這時通道盡頭的大門已經可以打開了，進入房間，在這裏用AV可以看到WRIGHTSON的腳印和壹些特殊的物體。這些都是線索。
緊接著進入第二間大房間，在這裏將佛像擺放回原來的位置後，佛像旁邊的門便會打開，在那裏找到壹個在AV狀態下呈紅色的三角體，把它放在上圖中的紅色物體上，門便可以開了。進門後順著樓梯來到了頂層，在頂層SARA建議依靠衛星來用超能力趕走遺址裏的所有異形，但要先找到在遺址裏的衛星連接處，其實就在同壹層的門後邊。
在頂層的地面上用AV可發現咖啡色的四塊磚用槍打爛它們就可以得到蘭色的三角體，用它和紅色的那個就可以打開那道門了
進門後，將四個不同顏色的球放進各自顏色的盤子中就可以打開衛星連接了並打開另壹道門。從那道門出去後通往敵軍的雷達站，NICK要在那裏打開和衛星的對接，當打開後，遺址裏的全部異形都會逃走。然後回到遺址到佛像旁的門並上去。 進入敵軍總部後，NICK發現SARA被困了起來，NICK必須找到頻道密碼，在BETA LAB的白板上用AV可以看到密碼。
然後去到PSI REGEN室，在那裏MC壹個士兵去控制室輸密碼，並在限時4分鐘之內到達MAP ROOM和SARA會合，但在那TONYA出現並把SARA挾持走。
為了救SARA，NICK要趕到WRIGHTSON’S INNER CHAMBER，在壹個上面閃著紅燈的門旁邊用MC控制士兵開門，進去後再用同壹方法控制另壹士兵開門，這樣便到了，在這裏遇到BOSS WRIGHTSON。
這是壹個唯壹不用超能力就可以對付的BOSS，只要象下圖壹樣躲在那個箱子後面他就打不到妳了，然後使用△+○+R1+○準確射擊他的發射面，2分鐘就可以解決他了，但要記得準備好充足的彈藥。
最後他所控制的異形把他殺了。
之後NICK來到了最後的地下宮殿，這裏有無數的隱型地雷，要很小心的用AV觀察，也可以用敵人的屍體對其進行引爆。
在途中會有象甲蟲壹樣的屏障突然升起，用PK就可以打壞了。
經過了重重艱難，終於找到了BARRET和GERNERAL，在BARRET的超能力下GENERAL終於完成了他的心願，把月球從本身的軌道上移開了，從此再沒有什麽可以阻擋來自宇宙的神力了，但自私的GENERAL為了獨吞這個力量，把筋疲力盡的BARRET打死了，並開始貪婪的吸取神力。NICK必須阻止他。
妳要用妳的PK攻擊上圖中的6個架子，每個攻擊兩次，當這6個架子倒了的時候，馬上跑去收集紅圈的那6個球不要被GENERAL得到，並且妳如果站在圓盤裏面的話妳的氣會得到補充。
當GENERAL的血滿了以後，戰鬥就正式開始了，其實很好打，因為他只有三種攻擊，妳在圓盤下的凹地中不停的轉圈，當他壹輪攻勢結束以後馬上爬上來，用R1超能力攻擊他（前提是妳撿到圓球），3分鐘就可以結束戰鬥了。
戰鬥結束了，GENERAL被卷入黑洞。
NICK和SARA剛想松壹口氣的時候幾架直升飛機，趕緊跑啊，突然屏幕出現了：TO BE CONTINUE