赤潮分為三大類：
無毒赤潮。這類赤潮壹般無害，通常不會對海水養殖業產生較大影響。
對人體無害對水生生物有害的赤潮。這類赤潮主要通過堵塞魚鰓或產生機械性損害而危害養殖魚類，如角毛藻的長刺會刺傷魚鰓組織，而米氏裸甲藻、卡盾藻等則通過產生溶血性毒素引起魚類及其它水生動物鰓組織損傷而危害海水養殖業。
有毒赤潮（對人體有毒害的赤潮）。這類赤潮可分泌赤潮毒素，通過食物鏈傳遞、生物積累等，造成食用者中毒，嚴重威脅人類健康。
據有關資料考證，世界範圍內有毒赤潮占所有赤潮的比例不到1％。